Zu Beginn des verheerenden Krieges gegen die Allianz erlässt die UNSC das sogenannte Cole-Protokoll. Ein weitreichender Befehl, der es für die außerirdischen Angreifer unmöglich machen soll, den Weg zu Erde zu finden. Ein Agent, der damit beauftragt wird, ist Navy Lieutenant Jacob Keyes. Seine Mission führt ihn direkt hinter die feindlichen Linien ins Herz des Allianzraumes …