Es herrscht trügerische Ruhe in den Zellen von Alcatraz. Doch im Untergrund verfolgen die Geister ihr ganz eigenes Ziel. Alcatraz 1953: Häftling Will interessiert sich für die Machenschaften des charismatischen Anführers Jerome Sanchez. Diesem jedoch sind Wills Nachforschungen ein Dorn im Auge. Auch sonst ist die Atmosphäre innerhalb der Haftanstalt zunehmend angespannt. Hofgänge werden aufgrund des schlechten Wetters gestrichen und die Insassen sind dazu verdammt, noch mehr Zeit als üblich in ihren dunklen Zellen zu verbringen. Währenddessen muss sich Jillian an ihrer neuen Arbeitsstelle zurechtfinden, doch ein Kollege macht ihr den Arbeitsalltag zur Hölle. Ihr Bruder Danny kämpft mit furchtbaren Erinnerungen - bis er eines Tages die Entdeckung seines Lebens macht. Er ahnt nicht im Geringsten, dass dieser Fund auch die Entwicklungen innerhalb des Gefängnisses beeinflusst. Als die Lage unter den Häftlingen außer Kontrolle gerät, bleibt am Ende nur noch die Flucht - hinunter in die finsteren Tiefen von Alcatraz.