In diesem Manga existieren zwei Welten parallel: das moderne Japan einerseits, und eine archaisch anmutende andere Welt, in der es noch feudale Herrschaftsstrukturen gibt, andererseits. In beiden Welten gibt es jeweils einen Jungen namens Arata, und widrige Umstände führen zu einem Identitätstausch zwischen den beiden. Der moderne Arata sieht sich nun plötzlich Verfolgung ausgesetzt, da er angeblich die Königin seiner seltsamen neuen Heimat umgebracht haben soll …