Im Dschungel der mexikanischen Halbinsel Yucatan verschwindet ein amerikanisches Archäologenteam, das an der Erforschung einer neu entdeckten Ruinenstadt der Maya arbeitet. Begleitet von dem berühmten Archäologen Vladimir Rubicon, dessen Tochter die Ausgrabungen leitete, reisen Mulder und Scully nach Mexiko, um die Spur der Vermißten aufzunehmen.