Pendant la guerre de Sécession, cinq prisonniers des Sudistes réussissent à s'échapper à bord d'un ballon. Franchissant les océans, l'engin se trouve pris par la tempête et échoue sur une île perdue au milieu du Pacifique. Semaine après semaine, l'ingénieur Cyrus Smith, le reporter Gédéon Spilett, Nab, Pencroff, Harbert, et le chien Top, s'organisent pour survivre, unissant leur talent et leur ingéniosité. Cependant, des faits Inexplicables viennent perturber leur nouvelle existence, leur laissant croire à une présence étrangère... Parviendront-ils à percer le secret que cache l'île mystérieuse ?